La reconstruction de l'édifice du XIII^e siècle, très endommagé par la guerre de Cent Ans, fut entreprise au cours du dernier tiers du XV^e siècle et achevée, pour l'essentiel, en 1541. Elle a entraîné la mise en place d'une nouvelle vitrerie dont la chronologie suit de peu les étapes des travaux : sa datation s'échelonne de la fin du XV^e siècle à la première moitié du XVI^e siècle sauf pour quelques panneaux remployés et les deux verrières hautes du bras sud du transept contemporaines de sa construction au début du XVII^e siècle.

Le peintre-verrier parisien Pierre Le Vieil nous apprend que, dès 1756, la vitrerie a été endommagée par la grêle, il décrit également des panneaux aujourd'hui disparus : le miracle de Saint-Antoine de Padoue (scène d'une verrière de la chapelle Notre-Dame-de-Piété), un saint évêque guérissant un possédé (dans une verrière de la chapelle Saint-Marin) et la chaire de Saint-Pierre, vitrail placé au-dessus de la porte de la sacristie et commandé par l'architecte Clément Métézeau en 1640. 

Les verrières des baies hautes du choeur ont fait l'objet de remaniements particuliers, celles qui occupent les trois baies d'axe, à l'origine du XV^e siècle, ont été restaurées à plusieurs reprises, notamment en 1753 par Jean Le Vieil. En 1844, dans les quatre baies voisines de celles-ci, le conseil de la fabrique a décidé de placer quatre grandes figures de saints sur un fond bleu provenant d'une verrière haute de la nef. Par souci d'uniformisation, les fonds des trois verrières d'axe, alors incolores, ont été remplacés par du verre bleu. Excepté le dessin des personnages et quelques pièces du XV^e siècle (surtout dans la baie 104) ces vitraux ont perdu aujourd'hui toute authenticité. Les dossiers d'archives n'apportent aucune précision sur la restauration effectuée en 1912 aux verrières du côté nord de la nef. La campagne de restauration de l'ensemble des vitraux entreprise en 1933 s'achève en 1938 avec la découverte des vitraux des XIII^e et XIV^e siècles, maintenant exposés au musée de Dreux. 

Une partie des vitraux est déposée en 1940. Ceux qui sont restés en place sont restaurés en 1941. La repose a lieu en 1947, puis en 1960 : les panneaux du XV^e siècle représentant des éléments d'architecture, jusqu'alors déposés dans les combles de l'édifice, sont remontés dans certaines baies hautes de la nef. C'est à l'atelier Hermet-Juteau que l'on doit la restauration la plus récente, en 1974 : elle concerne les verrières des chapelles du choeur et de deux baies hautes du côté nord de la nef.

Bibliographie: 

Les Vitraux du Centre et des Pays de la Loire : Corpus vitrearum, France, recensement des vitraux anciens de la France, 2, sous la dir. de Louis Grodecki, Françoise Perrot et Jean Taralon, Paris, CNRS, 1981, p. 58-63.

Source en ligne:

https://www.pop.culture.gouv.fr/notice/palissy/PM28000282